CORNETO — Этот ИИ превращает хаос биоданных в точную карту болезни — и реальный шанс на лечение
NewsMakerНа Github опубликован новый инструмент для расшифровки молекулярных сетей.
Исследователи из EMBL‑EBI совместно с коллегами из Гейдельбергского университета представили CORNETO, новый вычислительный инструмент помогающий ученым расшифровывать сложные омиксные данные. Описание метода опубликовано в журнале Nature Machine Intelligence. (ebi.ac.uk)
CORNETO расшифровывается как Constrained Optimization for the Recovery of NETworks from Omics. Программа использует методы машинного обучения и сведения из биологических баз чтобы строить молекулярные сети на основе транскриптомики протеомики и метаболомики. Такие карты показывают как взаимодействуют гены белки и сигнальные пути в нормальных и больных клетках. (ebi.ac.uk, Nature)
Руководитель проекта Julio Saez Rodriguez заявил что команда стремилась решить частую проблему системной биологии когда исследователю нужно извлечь четкие закономерности из огромных разнотипных измерений. CORNETO анализирует разные наборы данных одновременно и ищет закономерности которые согласуются с накопленными знаниями о клетке. Такой подход помогает быстро перейти от сырых чисел к интерпретируемым моделям. (ebi.ac.uk)
В отличие от традиционных методов которые рассматривают каждое условие по отдельности CORNETO изучает множество образцов сразу. Алгоритм показывает процессы одинаковые для всех наборов данных и выделяет особенности конкретных образцов. Пользователь может настроить программу под свою задачу или расширить ее новыми типами данных. (ebi.ac.uk)
Разработчики проверили CORNETO на транскриптомных профилях пациентов с раком. Инструмент выявил нарушенные киназы которые подтвердились независимым фосфопротеомным анализом. Построенные сети одновременно отразили общие сигнальные пути и индивидуальные отличия пациентов что открывает путь к более точной терапии. (ebi.ac.uk)
Сейчас CORNETO применяется в европейском проекте DECIDER для поиска путей связанных с устойчивостью к химиотерапии у больных раком яичников. Система показала гибкость и на дрожжах где помогла определить жизненно важные метаболические процессы позволяющие штаммам расти даже после выключения отдельных генов. Эти знания могут ускорить создание промышленных дрожжей для производства биотоплива и других веществ. (ebi.ac.uk)
Исходный код CORNETO открыт на GitHub и распространяется по лицензии GPL, поэтому научные группы могут бесплатно внедрять его в свои рабочие процессы.
Исследователи из EMBL‑EBI совместно с коллегами из Гейдельбергского университета представили CORNETO, новый вычислительный инструмент помогающий ученым расшифровывать сложные омиксные данные. Описание метода опубликовано в журнале Nature Machine Intelligence. (ebi.ac.uk)
CORNETO расшифровывается как Constrained Optimization for the Recovery of NETworks from Omics. Программа использует методы машинного обучения и сведения из биологических баз чтобы строить молекулярные сети на основе транскриптомики протеомики и метаболомики. Такие карты показывают как взаимодействуют гены белки и сигнальные пути в нормальных и больных клетках. (ebi.ac.uk, Nature)
Руководитель проекта Julio Saez Rodriguez заявил что команда стремилась решить частую проблему системной биологии когда исследователю нужно извлечь четкие закономерности из огромных разнотипных измерений. CORNETO анализирует разные наборы данных одновременно и ищет закономерности которые согласуются с накопленными знаниями о клетке. Такой подход помогает быстро перейти от сырых чисел к интерпретируемым моделям. (ebi.ac.uk)
В отличие от традиционных методов которые рассматривают каждое условие по отдельности CORNETO изучает множество образцов сразу. Алгоритм показывает процессы одинаковые для всех наборов данных и выделяет особенности конкретных образцов. Пользователь может настроить программу под свою задачу или расширить ее новыми типами данных. (ebi.ac.uk)
Разработчики проверили CORNETO на транскриптомных профилях пациентов с раком. Инструмент выявил нарушенные киназы которые подтвердились независимым фосфопротеомным анализом. Построенные сети одновременно отразили общие сигнальные пути и индивидуальные отличия пациентов что открывает путь к более точной терапии. (ebi.ac.uk)
Сейчас CORNETO применяется в европейском проекте DECIDER для поиска путей связанных с устойчивостью к химиотерапии у больных раком яичников. Система показала гибкость и на дрожжах где помогла определить жизненно важные метаболические процессы позволяющие штаммам расти даже после выключения отдельных генов. Эти знания могут ускорить создание промышленных дрожжей для производства биотоплива и других веществ. (ebi.ac.uk)
Исходный код CORNETO открыт на GitHub и распространяется по лицензии GPL, поэтому научные группы могут бесплатно внедрять его в свои рабочие процессы.